План города Томска 1911 года, составленный А. Соловкиным. Издание книжного магазина В. М. Посохина.
Томский острог был основан на южном мысу Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 км от её впадения в Обь и недалеко от устья таёжной речки Ушайки. К 7 октября 1604 года все строительные работы были завершены. Томск стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения — в 1614, 1617, 1657 и 1698 годах отражал набеги кочевников.
В XVIII веке границы российского государства отодвинулись далеко на юг и восток, набеги прекратились, и Томск потерял своё оборонительное значение. Начиная с середины XVIII века и вплоть до советских времён Томск становится местом ссылки. Так, здесь были в ссылке Ибрагим Ганнибал, Гавриил Батеньков, Михаил Бакунин, Николай Эрдман, Густав Шпет, Николай Клюев.
В 1719 году Томск был причислен к Енисейской провинции, в 1726 году — к Тобольской, а в 1782 году получил статус областного города Тобольского наместничества.
После создания Сибирского тракта, шедшего из Москвы через Томск в Кяхту (Забайкалье), Томск стал важным центром транзитной торговли, в 1738 году в Томске возникает ямская служба. Постепенно город вырос до статуса регионального административного центра и в 1804 году стал центром огромной Томской губернии, которая включала в себя территории нынешних Республики Алтай, Алтайского края, Кемеровской, Новосибирской и Томской областей, Восточно-Казахстанской области (Казахстан), западные части Хакасии и Красноярского края.
См. также: Заговор в Томске
В 1819 году в Томск с ревизией прибыл М. М. Сперанский. Про Томскую губернию он отметил, что
«худое управление сделало из неё сущий вертеп разбойников. Если бы в Тобольске я отдал бы всех под суд… то здесь оставалось бы уже всех повесить».
В начале XIX века для обеспечения больших перспектив развития города был создан генеральный план развития: первоначальный проект перепланировки и планировочного развития города, составленный томским землемером С. Зверевым в 1820—1824 годах, был предоставлен для экспертизы в бюро В. Гесте в 1824 году. Гесте внёс правки в проект и вернул его «для проверки с местным положением» в Томск. Вариант, предложенный петербургским градостроителем, был рассмотрен в Томске и были высказаны замечания по вопросу учёта в нём особенностей рельефа и других местных природных условий. Проект вновь был препровождён в Петербург, где уточнялся в бюро «по замечаниям из Томска» до 1830 года.
Проект предполагал существенное увеличение площади городской территории, «в основу планировки была положена… веерная схема, отвечавшая сложным условиям рельефа местности».
В южной части города, на Юрточной горе, был запроектирован новый общегородской центр, в ансамбле которого комплекс крупномасштабных административных зданий должен был сформировать примыкающую к Почтамтской улице главную городскую площадь, и центром её композиции должен был стать православный собор.
После окончательного согласования на месте генеральный план города 8 августа 1830 года был утверждён императором Николаем I.
В начале XIX века город превратился не только в административный, но и культурный и экономический центр юга Западной Сибири.
Начиная с конца 1830-х годов население Томска быстро росло благодаря увеличивающейся золотодобыче в Сибири. Она продолжалась до середины XIX века.
При строительстве Транссибирской железнодорожной магистрали в конце XIX века место для моста через реку Обь было выбрано значительно южнее Томска. В результате в районе этой переправы образовалось поселение, которое затем выросло в город Новосибирск. Томск же оказался в стороне от железной дороги, и хотя в 1896 году была проложена железнодорожная ветка до Томска, она являлась тупиковой, и город потерял значение транспортного узла (см.: Строительство Транссибирской магистрали в обход Томска).
Во второй половине XIX — начале XX века Томск являлся одним из центров идеологии сибирского областничества, одним из лидеров являлся видный русский учёный Григорий Потанин. В августе 1917 года, в промежутке между Февральской и Октябрьской революциями, на сибирской конференции общественных организаций в Томске было принято «Постановление по вопросу об автономном устройстве Сибири». В первой половине октября того же года и также в Томске был избран Сибирский областной совет.
Советский период
Топографический план Томска 1933 года. Издание Томского Горкомхоза.
В апреле 1917 году рабочими города образован Совет рабочих депутатов, первым председателем которого был избран В. Н. Чепалов. Советский режим в Томске был провозглашён 6 (19 декабря) 1917 года, а 26 января (8 февраля) 1918 года Томский горсовет распустил Сибирскую областную Думу. В результате мятежа Чехословацкого корпуса 31 мая 1918 года Томск перешёл под власть белых сил. В марте 1919 г. подпольная большевистская группа под руководством Ильмера готовила вооружённое восстание, но была раскрыта, её участники — расстреляны. 22 декабря 1919 года Красная Армия окончательно установила советский режим в городе. Последним городским головой был Александр Грацианов. После окончания Гражданской войны Томск вошёл в состав Сибирского края, позднее преобразованного в Западно-Сибирский край, а в 1937 году Томск на 7 лет стал городом Новосибирской области. Период с 1918 по 1944 год был временем серьёзного упадка Томска, падением его регионального статуса, произошёл мощный отток населения в быстрорастущий Новосибирск и другие города, расположенные на Транссибе. Томск на себе почувствовал, что значит быть райцентром с так называемым «финансированием по остаточному принципу». В городе не было индустриальных предприятий, удобных транспортных коммуникаций, постепенно сворачивалась культурная жизнь. В то же время продолжала развиваться научная и преподавательская деятельность — в Томском государственном университете и Технологическом институте.
Во время Великой Отечественной войны в Томск было эвакуировано около 30 предприятий из европейской части России, которые и стали основой промышленности города: за годы войны объём промышленного производства в Томске утроился. Изменился и административный статус города — 13 августа 1944 года была образована Томская область, и Томск стал областным центром. 229 тыс. томичей воевали на фронтах, из них 63,6 тыс. погибли, а 176 были удостоены звания Героя Советского Союза.
До 1960-х годов Томск продолжал оставаться заштатным, провинциальным городом. По мнению ряда российских и зарубежных историков, импульс динамичного, стремительного развития город получил во второй половине 1960-х — 1970-х годах (первым секретарём Томского обкома КПСС в это время был Егор Лигачёв). В это время развиваются основные стратегические позиции: научно-образовательный комплекс, с нуля создаётся в Томской области нефтяная промышленность, в городе разворачивается оборонное производство современной (1960-е) военной электроники, часть возможностей закрытого предприятия советского атомного проекта (Пятый почтовый) направляется на решение проблем томичей, вокруг города разворачивается созвездие предприятий АПК для продовольственной безопасности томичей, создаётся мощная база предприятий строительной индустрии, но, главное, Томск получает мощное культурное развитие. В Томск со всей страны приглашаются художники, поэты, театральные деятели и деятели кино, вводятся новые кинотеатры («Родина» в Томске, «Россия» в Северске), вводится крытый ледовый стадион «Дворец Спорта». Улучшается облик города, особое внимание уделяется архитектуре.
3 серебряных рубля 2004 года
В Томске сохранилось большое количество памятников деревянного зодчества, созданных в основном в конце XIX века, однако со временем их число становится всё меньше. В 1970 году городу был присвоен статус исторического города. В ходе Перестройки были сняты ограничения на посещение города иностранцами.
Современный период
В 1990-е годы в Томске, как и в большинстве городов России, произошёл спад промышленного производства, особенно в машиностроении, ориентированном на военные госзаказы, в оказавшейся неконкурентоспособной лёгкой промышленности. Перестали существовать приборный завод, радиотехнический завод; испытывал проблемы нефтехимический комбинат, несколько раз менявший собственника. В июле 1996 года на первых выборах мэра победу над действующим мэром Геннадием Коноваловым одержал глава администрации Советского района Александр Макаров.
В 2004 году Томску исполнилось 400 лет, руководство города и области добилось, за счёт подготовки к юбилею, выделения значительных средств из федерального бюджета на развитие города, в частности, на ремонт улиц. Празднование юбилея, намеченное на 3—5 сентября, совпало с Бесланскими событиями и было перенесено на 8—9 октября.
Площадь Ленина (видна только часть площади)
В 2005 году правительство России объявило о создании на территории Томска особой экономической зоны технико-внедренческого типа, что предполагает инвестиции в экономику города и создание инновационных организаций.
В апреле 2006 года в Томске состоялась встреча на высшем уровне между федеральным канцлером Германии Ангелой Меркель и президентом России Владимиром Путиным. Объяснялось это значительной немецкой диаспорой, проживающей в крае (сам губернатор области Виктор Кресс является этническим немцем и девятым по счёту губернатором-немцем в истории города).
6 декабря 2006 года мэр Томска Александр Макаров был задержан в своём рабочем кабинете. 8 декабря он был взят под стражу, а 11 декабря по решению суда он был временно отстранён от занимаемой должности. Ему были предъявлены такие обвинения, как соучастие в преступлении, вымогательство и злоупотребление должностными полномочиями. В марте 2009 года арестованный мэр Томска выиграл дело против России в Европейском суде по правам человека, который признал его арест незаконным и постановил России выплатить ему компенсацию в размере 8 тыс. евро (340 тыс. рублей), через месяц он был отпущен из СИЗО под залог в размере 4 млн рублей. 14 апреля 2010 года Макарова взяли под домашний арест, а 1 октября снова взяли под стражу. 15 ноября Томский областной суд приговорил Макарова к 12 годам колонии строгого режима. 18 октября 2011 года приговор осуждённому мэру вступил в законную силу.
В сентябре 2013 года губернатор Томской области Сергей Жвачкин объявил о концепции развития города, согласно которой в последующие 20 лет будет застроена пустующая территория к северу от Томска (между Кузовлево и Светлым). «Новый Томск» будет построен с расчётом на постоянное проживание около 300 тыс. чел. Таким образом, как планируется, в Томске будут выделяться три части — «старый город», включающий в себя исторические памятники архитектуры, деловой центр и новый жилой район.