Московское правительство принимало меры к заселению новых земель. Так по царскому указу в 1605 году прибыло в Томск для государевой службы и пашни 50 человек, набранных в Верхотурье из охочих гулящих людей. В 1631 году было велено послать в Томск 100 семей пашенных крестьян «добрых, заводных, семьянистых, лучших людей», однако таких удалось найти только 80 семей.
Земледельческая колонизация конца XIX – начала XX веков не оказала большого влияния на подгородние поселения. Их основное население составляли старожильческие хозяйства, давно оторвавшиеся от России, и хозяйства томских татар. Пашни под городом к этому времени были уже незначительны, но на обильных сенокосных угодьях развивалось скотоводство.
Близость города с его обширным рынком способствовала развитию огородничества и ремесел (шорному, столярному и т. д.). Томские купцы на своих заимках открывали заводы. Так Кухтерины владели винокуренным производством в Кузовлево, а Вытнов даже провел в свой завод в Поросино телефонную линию.
Многие подгородние местечки и деревни приобрели славу дачных мест – Заварзино, Городок, Басандайка, Каштак, Петухово славились прекрасными видами. В селе Спасском (Коларово) до наших дней сохранилась церковь Нерукотворного образа Господа и Спаса Иисуса Христа, к сожалению, разрушена чудесная деревянная церковь-терем в Кузовлево.
Однако главная роль территории современного Томского района была в обеспечении связи Томска с другими регионами. Это был мощный транспортный узел губернии. Через пригородные села проходил Большой Сибирский тракт, начало водного пути из Томи в систему рек Обского бассейна, а впоследствии и железнодорожная ветка.
С 1860-х годов активно развивается Сибирское судоходство. Для зимовки пароходов речники облюбовали место в устье реки Самусь. С Обь-Енисейского канала сюда были переведены здания, оборудование столярного и механического цехов, кузницы, жилые дома. В 1907 году на Самусьском судоремонтном заводе уже строились суда "Конда" и "Туринец".
Строительство железнодорожной ветки повлияло на традиционные промыслы населения подгородних деревень. Сократился извоз, часть населения перешла к земледелию и скотоводству. Близость города и наличие развитых транспортных путей определили историческую роль Притомья.
В 1925 году были образованы два Томских района: 1-й Томский район, он же Томский Северный, Томский район и 2-й Томский район, он же Томский Южный или Коларовский район. В 1930 году они были объединены.