На территории района расположены основные нефтяные и газоконденсатные месторождения области. Здесь добывается 60% всей томской нефти и 100% томского газа. На территории Каргасокского района действует несколько недропользователей: ОАО «Томскнефть», ОАО «Востокгазпром», а также небольшие компании, разрабатывающие низкодебитные скважины.
В малом бизнесе ведущая роль принадлежит торговой отрасли. В последние годы успешно развивается сфера услуг: частное такси, бытовые услуги, лесозаготовки.
Приоритетными отраслями, в которых планируется развитие малого предпринимательства, являются заготовка древесины и выпуск пиломатериалов, переработка дикорастущих, вылов рыбы и ее дальнейшая переработка.
Пищевая промышленность – это, в основном, выпечка хлеба и кондитерских изделий. Потребительское общество «Каргасокский хлебозавод» выпускает около 200 видов различных хлебобулочных и кондитерских изделий.