В начале XX века началось интенсивное изучение района. Экспедиции Рубчевского, Шестакова, Драницина, Кузнецова, исследовав северную часть района сделали вывод, что «местность пригодна для заселения и сельскохозяйственного производства». Поэтому в ходе аграрной реформы П.А.Столыпина 1906 г. добровольное заселение края свободными крестьянами с европейской части России усилилось, на территорию района потянулись обозы безземельного крестьянства. Так в 1918 г. на реке Галке появилась заимка Селивановых (ныне это с. Бакчар), а в непосредственной близости – другие поселения. Крестьяне-переселенцы принесли в северные сибирские земли более эффективную культуру земледелия и животноводства.
В советское время, когда началась ликвидация кулачества, территория района была выбрана в качестве места ссылки. Одними из первых образованных поселков были Большая Галка, Верх-Галка, Луговой, Селивановка, Малиновка, Сухой, Суйга, которые впоследствии вошли в состав первой комендатуры – Галкинской. Всего в этот период было создано 48 спецпосёлков. Среди ссыльных была и семья М.Т. Калашникова – позднее известного конструктора стрелкового оружия.
Из нескольких, находившихся неподалёку друг от друга хуторов – Цветковка, Кустовка, Дунюша, Селивановка – были созданы и первые колхозы. В это же время (в 1931 г.) произошло основание административного центра района – п. Селивановку переименовали в село Бакчар по названию реки, протекавшей неподалеку. От с. Бакчар по месту бывшей санной тропы через болота началось строительство дороги на г. Томск.
В результате переселения, коллективизации и массовой ссылки постоянное население Бакчарского района к концу 1937 года составило 9,8 тыс. человек. Основным видом хозяйственной деятельности у жителей являлось сельское хозяйство – полеводство и животноводство. Было создано внушительное вспомогательное производство: 4 лесопилки, 3 мельницы, 2 маслозавода, 19 пихтозаводов, 4 дёгтезавода, 3 столярных мастерских, баня, прачечная, пожарное депо, зернохранилище, овощехранилище и прочее. В декабре 1934 г. было заложено Галкинское плодово-овощное хозяйство (ныне Бакчарский опорный пункт северного садоводства).
Датой образования района считается январь 1936 года, когда ВЦИК РСФСР утвердил решение об образовании Бакчарского района с центром в с. Бакчар. В состав Томской области Бакчарский район вошел 13 августа 1944 года.
8 февраля 1963 года Бакчарский район был укрупнен путем присоединения к нему Парбигского района. К этому времени в районе уже проживало 14,9 тыс. человек населения, в т. ч. в с. Бакчар 5020 человек.