Зырянский район Мариинского уезда Томской губернии создан постановлением Томского губернского исполнительного Комитета от 25 июля 1924 года. Данное постановление было утверждено постановлением Сибирского революционного комитета от 4 сентября 1924 года.
На 1 мая 1925 года в состав Зырянского района входили следующие сельсоветы: Зырянский, Богословский, Красноярский, Берлинский, Семеновский, Цыгановский, Арышевский, Дубровский, Мишутинский, Вомбалинский, Павловский, Теундатский, Михайловский. Тукайский, Окунеевский, Шиняевский, Яранский, Городокский, Берегаевский, Малиновский, Чердатский, Ореховский.
25 мая 1925 года по постановлению ВЦИК Зырянский район был включен в состав Сибирского края с центром в г. Новосибирске.
30 июля 1930 года по постановлению ВЦИК Зырянский район вошел в состав Западно-Сибирского края с центром в г. Новосибирске.
26 января 1943 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР Зырянский район был включен в состав Кемеровской области.
13 августа 1944 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Зырянский район вошел в состав Томской области.