Нарымский край издавна был местом политической ссылки. Первыми были декабристы, за ними последовали в Нарым участники польского восстания, участники революции 1905 года, меньшевики, анархисты, социал-революционеры, большевики – в Нарыме колония ссыльных всегда была одной из самых многочисленных. Ничего не изменилось и со сменой режима: бывший нарымский ссыльный Джугашвили, ставший грозным Сталиным, регулярно отправлял неугодных в места, где и сам был в ссылке. Только за 1930–1931 гг. сюда было сослано 200 тысяч человек.

Парабельский район как самостоятельная административная территориальная единица был образован 20 ноября 1935 года Постановлением Запсибкрайисполкома, утвержден ВЦИК 20 января 1936 года. В современных границах в составе Томской области он существует с 1962 года, когда после ликвидации к нему была присоединена территория Пудинского района.