До освоения русскими Шегарского Приобья на данной территории проживали селькупы, татары и карагазы. Селькупы пришли на юг Шегарского района в середине XVI века.

До 1925 года с. Богородское (Старая Шегарка) являлось центром Богородской волости. В 1925 году волость была преобразована в Богородский район, который спустя 5 лет вошёл в состав Кожевниковского района Новосибирской области Западно-Сибирского края.

С января 1936 года вновь образованный Шегарский район до сентября 1937 года находился в составе Западно-Сибирского края, а по август 1944 года входил в состав Новосибирской области.

13 августа 1944 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР была образована Томская область, в состав которой вошёл выделенный из Новосибирской области Шегарский район.