На территории района расположены основные нефтяные и газоконденсатные месторождения области. Здесь добывается 60% всей томской нефти и 100% томского газа. На территории Каргасокского района действует несколько недропользователей: ОАО «Томскнефть», ОАО «Востокгазпром», а также небольшие компании, разрабатывающие низкодебитные скважины.

В малом бизнесе ведущая роль принадлежит торговой отрасли. В последние годы успешно развивается сфера услуг: частное такси, бытовые услуги, лесозаготовки.